pybedtools：在Python中使用BEDTools
I have a Python, I have a BEDTools. Ah,pybedtools! 前言 pybedtools 是采用 Python 对BEDTools 软件的封装和扩展。为啥要用pybedtools ，而不是直接使用BEDTools 呢？ 当然是我们想在 ...
原文：bedtools 的安装与使用
安装 bedtools 提供了 种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装， 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt get, mac 下的homebrew 从github下载源代码，进行安装 由于访问不了google code,又想编译安装，就从github上下载最新版：https: github.com arq x bedtool ...
2015-12-16 17:52 0 7976 推荐指数：
相关推荐
使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）
1、下载安装bedtools； 2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下： 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下： 3、提取多个位置的vcf文件； ...
安装bedtools报错 fatal error: lzma.h: No such file or directory
1、问题安装bedtools 执行make命令是报错fatal error: lzma.h: No such file or directory 2、解决方法 3、再次执行make验证， 已经没有fatal ...
bedtools 用法大全
原文：https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言： bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程 ...
Bedtools genomecov 计算覆盖度
简单说明： 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大于512M的染色体 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序 ...
bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算
我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现，因为gtf每一行比较规律，不像fasta和fastq ...
bedtools 定量表达：coverage 统计 reads 数（加-sorted参数）
最近做定量表达，使用了命令如下： bedtools coverage -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt 使用以上命令正常定量，但更多时候会出现Bus error或者Killed的报错；能不能正常运行，很大程度上取决于系统的资源 ...
linux安装五之wget安装和使用
linux上使用wget下载文件 首次安装的centos操作系统是没有安装wget的，所以首先需要先安装wget，然后才能使用wget下载文件。 1、第一步，保证centos能正常连网。使用命令 ：yum -y install wget 如下图，稍等一会即可安装 ...