原文:RNA-seq 数据的简单分析

主要介绍如何分析RNA seq 数据 参考文档 Wikipedia RNA seq paper: RNA Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat: discovering splice junctions with RNA Seq TopHat paper Nature Pr ...

2015-10-08 20:56 0 11048 推荐指数:

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简单理解RNA-seq

简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧,看了statQuest,感觉讲的很棒,于是分享给大家原版视频后台回复 ...

Sat Oct 20 04:27:00 CST 2018 1 1989
RNA-seq表达数据之样本PCA分析

Principal component analysis (PCA) 分析 主成分分析(PCA)帮助我们归纳总结和可视化数据集中的信息,这些数据包含由多个相互关联的变量描述的个体 / 观察主成分分析。 可以将每个变量视为不同的维度。 但如果您的数据集中有3个以上的变量,那么很难在多维超空间可视化 ...

Wed Nov 27 03:24:00 CST 2019 0 1509
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值 ...

Sat Dec 15 19:18:00 CST 2018 0 1543
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
RNA-seq简单处理流程

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data ...

Sun Mar 11 02:27:00 CST 2018 0 2961
Bulk RNA-seq 转录组分析

Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...

Fri Nov 06 22:52:00 CST 2020 0 714
 
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