官网: https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...
主要介绍一下 SAMtools 的用法。它被誉为 NGS 里面的 瑞士军刀,功能很是强大,所以值得好好学习一番。 文档参考 总站 samtools mannual github samtools 标准流程 推荐: blog SAMtools: Primer Tutorial 安装 由于 samtools 与 htslib , bcftools 经常结合使用,因此,最好一次就把这三个一起安装好,届 ...
2015-09-23 01:43 0 2096 推荐指数:
官网: https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...
功能如下: 1、View 主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数: -b 输出bam格式。。默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header。。默认不 ...
转自:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行 ...
bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA ...
【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...
参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用 ...
有很多种格式来记录mapping的结果,大多数都收录在UCSC的帮助文档中。在mapping之后,如何对mapping的结果进行评估呢? 最简单的,就是通过samtools来评估mapping质量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意,这一步之前需要 ...
对于双端比对的数据,生成的BAM文件中,R1端序列和R2端序列的标识符是一样的,之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R1端,哪条序列是R2端,昨天仔细研究了一下,原来代表R1端和R2端的信息 ...