一.先利用word2vec训练数据得到模型 a.利用jieba对文本进行分词，并只提取词性为人名的词，去除分词长度为1和大于4的词 b.利用word2vec训练分词后的文本，并存储 c.利用训练后的模型计算相关度词 d.人工过滤一些杂项(由于分词的不准确造成) 二.利用gephi画图 ...

官网： https://gephi.org/ 背景： Gephi 是一款开源，免费， 跨平台的的graph 和 network 可视化工具，同时也提供了数据挖掘的相关功能 ...

1.关系网络图 如何来表示两个对象之间的关系？ 把对象变成点，点的大小、颜色可以是它的两个参数，两个点之间的关系可以用连线来表示。连线分为无向（只是连接的导向，一些简单的关系很容易体现）和有向（复杂网络，连接+方向，线本身的方向代表了连接的关系同时线的粗线也可以表示线的连接强度 ...

首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 node.txt 网络属性文件 gene expgene1 0.2gene2 ...

在Gephi安装官网中也介绍了一些如何使用该工具的方法，我将根据自己的数据和可视化的图片进行介绍 第一步：整理数据格式，我的数据是.csv格式的（.xlsx，.xls等等） 数据第一行第一列必须是相同的，表示节点的标签，可以不用数字表示（如：N1,M2,B3等等任意形式表示，注意 ...

　　早知道有向图和无向图差别没有想象中的大我就写到一起了。 　　函数中使用的arrow画箭头函数是在这个网站下的。 运行结果： ...

这期推文的封面是一张富集分析的网络图，来自文献：Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations，算是比较新颖的富集展示方法，是用Cytoscape做的 ...

年轻人，耗子尾汁 ...