tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。 下载地址: 由于snp数量多,所以vcf文件也非常大,常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后,原本的view.vcf文件就变成 ...
bgzip Block compression decompression utilitytabix Generic indexer for TAB delimited genome position files SAMtoolsandBCFtoolsare distributed as individual packages. The code uses HTSlib internally, b ...
2015-06-14 10:27 0 6479 推荐指数:
tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。 下载地址: 由于snp数量多,所以vcf文件也非常大,常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后,原本的view.vcf文件就变成 ...
利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: ...
--directory install 默认 给dest 加入执行权限 -b 无参 备份 --backup -p ...
系统变量SY-INDEX与SY-TABIX是用来记录循环的次数或者索引的,不同的是SY-INDEX在DO....ENDDO中是有效的,而SY-TABIX在LOOP....ENDLOOP中及READ内表时获取相应的索引。 DATA:BEGIN OF STUDENT OCCURS ...
install:install实际上是maven-install-plugin的目标。这与install maven生命周期阶段不同。 Maven生命周期阶段是构建中的某些步骤,某些插件可以将其自身绑定到。当您调用单个生命周期阶段时,可能会执行来自不同插件的许多不同目标。 这归结为命令 ...
ipython notebook  pip install msgpack ...
mvn install:install-file -Dfile=JAR包所在路径(如D:/xxxx/x) -DgroupId=包的groupid名(可以是自己取的名) -DartifactId=包的artifactID名(可以是自己取的名) -Dversion=版本号(可以自己取的,例如1.0 ...
greenplum install 注意事项:1.hostname 不能大写##2.如果segment和mirror副本数比较大,建议调整/etc/ssh/sshd_config的maxconnect数值3.系统参数需要修改kernel.sem = 500 1024000 200 8192 ...