原文:VCF (Variant Call Format)格式详解

VCF文件示例 VCFv . CHROM:表示变异位点是在哪个contig 里call出来的,如果是人类全基因组的话那就是chr chr ,chrX,Y,M。 POS:变异位点相对于参考基因组所在的位置,如果是indel,就是第一个碱基所在的位置。 ID: 如果call出来的SNP存在于dbSNP数据库里,就会显示相应的dbSNP里的rs编号。 REF和REF:在这个变异位点处,参考基因组中所对应 ...

2015-06-08 21:55 0 21694 推荐指数:

查看详情

vcf格式


...

Wed Jan 04 03:51:00 CST 2017 0 4768
VCF和GVCF格式说明

注意:本文的内容主要来自于GATK官网的讲解,所以vcf也是GATK产生的,用其他caller,比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致。 参考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268 ...

Tue Jun 05 18:05:00 CST 2018 0 1325
VCF格式说明

VCF是用于描述SNP,INDEL和SV结果的文件,下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件,与SAMtools的结果有点不同 VCF文件可以分为两部分看,最上面#号注释的的部分是对一些参数的解释(看英文能懂的话,下面的解释就不用看了),而下面没#号注释的部分则是各个参数对应的具体的值 ...

Tue Jan 07 18:33:00 CST 2020 0 797
BMP文件格式详解(BMP file format

BMP文件格式,又称为Bitmap(位图),或是DIB(Device-Independent Device,设备无关图),是windows系统中广泛使用的图片文件格式,由于它可以不作任何变换地址保存图像像素域的数据,因为称为我们取得RAW数据的重要来源。Windows的图像用户界面也在他的内建图像 ...

Tue Oct 08 22:21:00 CST 2019 0 500
Hive:ORC File Format存储格式详解

一、定义   ORC File,它的全名是Optimized Row Columnar (ORC) file,其实就是对RCFile做了一些优化。 据官方文档介绍,这种文件格式可以提供一种高效的方法来存储Hive数据。它的设计目标是来克服Hive其他格式的缺陷。 运用ORC File可以提高 ...

Thu Jul 05 01:26:00 CST 2018 0 2608
Nginx日志格式log_format详解

PS:Nginx日志相关指令主要有两条,一条是log_format,用来设置日志格式,另外一条是access_log,用来指定日志文件的存放路径、类型、缓存大小等,一般放在Nginx的默认主配置文件/etc/nginx/nginx.conf ...

Thu Sep 27 20:01:00 CST 2018 0 4556
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM