安装： wget https://github.com/samtools/samtools/r ...

SNP鉴定的标准流程有三个步骤： 一、mapping 使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对： $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq > ...

第一次在Linux上不用root权限安装软件，查看了很多博客，并实践安装成功。大致总结了一下samtools的安装过程，仅供大家参考，如有不对的地方，欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzma、htslib两个包，所以在安装samtools之前需要确保安装了lzma、htslib ...

bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome ...

/Tutorial 安装 由于 samtools 与 htslib , bcftools 经常结合使用，因此， ...

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行 ...

功能如下： 1、View 　　主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数： 　　-b 输出bam格式。。默认是sam文件 　　-h 输出的sam文件带header。。默认不 ...

转自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行 ...