【实验目的】 1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程,获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识; 2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法; 3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。 【实验原理】 在现代分子进化研究中,根据现有生物基因 ...
多重比对序列的格式及其应用 这里对多重序列比对格式 Multiple sequence alignment MSA 进行总结。在做系统演化分析 序列功能分析 基因预测等,都需要涉及到多重序列比对。特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时,会遇到各种的格式,而这些格式是如何产生的,有什么区别,格式之间如何转换,从哪里可以下载到相关的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章将就这些 ...
2014-08-27 18:15 0 2557 推荐指数:
【实验目的】 1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程,获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识; 2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法; 3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。 【实验原理】 在现代分子进化研究中,根据现有生物基因 ...
[转记]MAFFT多重序列比对图解教程 【絮语】 一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT> ...
文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...
Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...
用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...
1.软件的安装: 网站:http://www.megasoftware.net/ windows上安装,下载windows-command line(cc)版本的,格式为zip,解压之后,里面有两个主程序,MEGACC和MEGA-PROTO,安装完后之后,将megacc的环境变量添加到系统 ...
目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...
2021年了,从零开始几个字可以去掉了,做了很多次服务器搭建,其实能够叫零的之前已经是讲完了。 其实应该做一个总结,但是没有时间,后面再说吧。 本文也没有什么内容,因为很简单: ...