GSEA-基因集富集分析
1.为什么写？ 网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知。 不做搬运工，只写有用的，防止以后忘记。每个人理解不同，记录下来，供自己今后参考，顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
原文：基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway
http: blog.sina.com.cn s blog c f utyx.html GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分子功能 molecular function 生物学过程 biological process 和细胞定位 cellular component 三个面对基因功能进行全面定义。 基因本体论，用于蛋白的功能分类 Gene ...
2014-08-06 17:18 0 4301 推荐指数：
相关推荐
基因或蛋白富集分析，gsea与ssgsea
大家应该对通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法，给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA（gene set variation analysis）与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片核转录组 ...
利用GSEA对基因表达数据做富集分析
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
《GSEA富集分析 - 界面操作》
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 （下面摘录一部分）。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前，我们先看一篇Cell文章 ...
GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用
的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧）。 普通的转录组套路并不多，差异表达基因、富集分析、WGC ...
Pathway富集分析气泡图
data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway)) > ...
GSEABase | clusterProfiler | GSEA富集分析 | MSigDB
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析
1、安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db ...