fai示例： Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 ...

概述：tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步： 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments，比对到参考基因组上，如果比对成功，建立剪切点。 用法：tophat ...

BED 文件格式 BED 文件格式是一个可变方式的数据线，用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。 首先是三个要求的BED字段 chrom ...

bed文件（browse extensive data）以及gff文件（general fearture format） bed文件 第一列是染色体或者contig信息。 第二列是起始位置，从0开始。 第三列是终止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是链方向 ...

1）BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段 ...

安装 TopHat2 下载最新预编译版本 解压 加入 PATH 即可 测试 应该就看到各种信息，包括版本，基本用法等，这样 tophat2 就算安装完成了。 ...

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现，因为gtf每一行比较规律，不像fasta和fastq ...

Cole Trapnell said： there are three strategies:1) merge bams and assemble in a single run of Cuffl ...