原文:用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三):计算median

接前一篇: http: www.cnblogs.com emanlee archive .html 我们已经知道要分析的数据对每个基因有 个重复测定值,经过缺失值填充后,每个基因都有 个可用值。 这一步很简单,就是取这 个值的中位数,即median。 方法很多,在excel中可以用median函数 在R中以下代码进行操作: get median lt function i,j num vec lt ...

2012-12-05 16:23 0 3555 推荐指数:

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RBioConductor进行基因芯片数据分析(六):差异表达基因

接前一篇: 用RBioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
RBioConductor进行基因芯片数据分析(四):芯片内归一化

接前一篇: 用RBioConductor进行基因芯片数据分析(三):计算median 归一化是从normalization翻译过来的。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较,消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源于样品制备,点样,杂交过程,杂交信号处理等。 归一化 ...

Thu Dec 06 00:55:00 CST 2012 0 8500
RBioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化

接前一篇:用RBioConductor进行基因芯片数据分析(四):芯片内归一化 上次进行芯片内的归一化,但是我们的数据来自于10张芯片,为了让这10张芯片之间有可比性,需要进行芯片间归一化。 具体原理就不介绍了。 这里用到Bioconductor的一个package,叫做limma ...

Thu Dec 06 01:12:00 CST 2012 0 5287
RBioConductor进行基因芯片数据分析(二):缺失值填充

以下分析用到的数据可以在这里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下载,这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究,样本是20个蝴蝶个体,其中10个是当地固有个体(old),另外10个是新迁入的个体(new ...

Wed Dec 05 23:09:00 CST 2012 2 7322
(转)基因芯片数据GO和KEGG功能分析

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明 ...

Fri Jan 08 18:40:00 CST 2016 0 4069
r语言代写使用Bioconductor 分析芯片数据

原文链接:http://tecdat.cn/?p=4764 介绍 芯片数据分析流程有些复杂,但使用 RBioconductor进行分析就简单多了。本教程将一步一步的展示如何安装 RBioconductor,通过 GEO 数据库下载芯片数据, 对数据进行标准化 ...

Thu Jul 26 23:00:00 CST 2018 0 1607
R 进行高频金融数据分析简介

作者:李洪成 摘自:http://cos.name/wp-content/uploads/2013/11/ChinaR2013SH_Nov03_04_LiHongcheng.pdf 高频数据 金融市场中,逐笔交易数据(transaction by transaction data ...

Wed Apr 20 21:05:00 CST 2016 1 2355
 
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