在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 ...
SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件,不同的时期,不同的研究方向,都会创建一种或者多种格式标准,当然根据当时的需要,创建符合需求的标准,也是最容易的事情,而反过来想要真正的理解标准,也必须理解为什么要创建这样的标准,解决什么样的需要。我前面的有篇文章已经 ...
2012-10-25 10:13 1 8140 推荐指数:
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 ...
原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab ...
sam/bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释 ...
1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列 ...
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件 ...
文件格式如是下图这种格式: 那么就可以通过通过kali终端samdump2 + system + sam 生成出来通过hashcat -m 1000去跑,或者通过md5查询 ...
SAM文件格式 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档 以下内容参考2019年1月SAM文件说明文档,具体细节请关注最新文档说明 SAM文件由两部分组成:头部信息和比对信息,都是以tab键分隔 ...
参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法 ...